红色物质的背景设置在反乌托邦的科幻冷战时期，玩家将扮演一位名叫艾斯隆的大西洋联合会的宇航员兼特工。在游戏中，艾斯隆被派往一个已经废弃了的月球基地。在月球上，玩家的任务是调查一个被尘封多年的绝密研究项目。随着任务进程的展开，艾斯隆的妄想症会不断发作并对任务的执行过程造成一定的困扰。为了让艾斯隆顺利完成任务，总部还为艾斯隆提供了一系列高科技装备，以破解隐藏的信息和机械装置，揭开那些基地设施的更深层次的秘密。
降落星球后找到大门，进门后取两个保险管，一个在门上边，需要控制升降机拿取，另一个在大门边上，都拿到后放到正确位置会出现一个开关，打开后旋转开门。进去后关门，打开电源，拔掉四个铁条，旋转开关后出现一个门，在里面的柜里找个身份卡扫描一下，进入电梯到下一层。
下电梯到房间中间打开电源，按照桌上的文件顺序打开按钮，旋转出现的开关，然后修复两个电源板，一块插在机器上，一块放在桌上，按照板子底下的图，装上电容后，出现开关，打开后出现升降梯，出电梯后，把表和液体蹦都调到安全区域，出现开关打开后恢复电力，原路返回后，把棋子放到棋盘。
进入通道来到一个测试机，测试后来到保安室，按照保安室文件的密码打开电源，按照中间屏幕的提示顺序打开大门，破解密码7204后打开红色箱子扫描身份卡，回到大门后进入电梯达到员工宿舍，进入右边第一个房间拿到铁块，外边对照雕像分析出房间密码,横着数按下11、1、8的图形方块，打开暗门后在最里面的墙上拽掉一个园块，扫描身份牌，出屋后进入旁边的屋，找到奖杯下的密码318，打开柜子拿到红色棋子后来到左边第二间，放上棋子出现地道。
过地道进入卧室里扫描身份牌后进入实验室，找到两个电池后充电，充好后缓慢移动放入电池巢，接通电源后，移动最上方激光，射中心原点，然后按墙上提示，接通所有激光后进入传送仓按下开关，传送后扫描文件，拿起棋子进入通道。
回到宿舍区迅速上电梯来到通信大厅，找到3个轮盘，让最下面的大点进入圈里，然后按虚线把上面两个连接，到控制区让卫星转到指定位置，调好信号两个线重合后扫描旁边的机器，出现宇航员，拿到棋子放到棋盘，进入通道来到外面，然后走到山上进门，转动激光破坏棋盘后回到实验室，按开关后，游戏结束。
