（人物关系图）
后来来了大西洋联盟的博士和护士，他俩研究了一个精神模拟实验，就是交换意识。博士想和萨沙交换意识来获取基地的秘密。为了实验成功，博士让萨沙相信他是大西洋联盟的一名特工艾普斯龙，也就是玩家要扮演的角色。最终在意识交换时，护士救了萨沙（她其实是我们的卧底），意识交换完成，但是博士在萨沙的身体里死亡了。故事很巧妙得运用了国际象棋的小兵和国王来比喻萨沙和博士之间的博弈，值得思考。
下面来说下二的剧情。一中的伊琳娜感染了红色霉菌后并没有死亡，而是被送到了海卫一，成为了李森科博士实验的志愿者。
（李森科博士）
（伊琳娜）
李森科博士其实才是大反派，他是研究红色物质的，他通过伪装N1基地里发生过大火灾人员伤亡来掩盖他残酷的实验。他把所有zz异己分子抓来做红色物质的活体实验，包括他看不惯的伊琳娜。其实斯塔斯也没有死，他来到了土星的一个基地并发送了求救信号。玩家扮演的萨沙收到自己老友的求救信号就开始寻找他斯塔斯。在渗透特工贝塔的帮助下发现了真相。斯塔斯也死了。萨沙摧毁了基地之后也死了。
只是粗略地讲了一下剧情和我的理解，如果有不正确的地方，欢迎朋友们指正??
